1967 yılında Tokat’ta doğan Prof. Dr. Erhan Afyoncu, ilk ve orta öğrenimini memleketinde tamamladı. 1984 yılında Marmara Üniversitesi Atatürk Eğitim Fakültesi, Tarih Öğretmenliği Anabilim Dalı’na başladı ve 1988 yılında mezun oldu. Akademik kariyerine 1989 yılında Marmara Üniversitesi Atatürk Eğitim Fakültesi’nde Araştırma Görevlisi olarak adım attı.
Yüksek lisansını Marmara Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü, Yeniçağ Tarihi Anabilim Dalı’nda “Necati Efendi Tarih-i Kırım (Rusya Sefaretnamesi)” adlı çalışmasıyla 1990 yılında tamamladı. Doktora eğitimini Marmara Üniversitesi Türkiyat Araştırmaları Enstitüsü, Yeniçağ Tarihi Anabilim Dalı’nda sürdürdü ve “Osmanlı Devlet Teşkilatında Defterhâne-i Âmire (XVI-XVIII. Yüzyıllar)” başlıklı teziyle 1997 yılında doktor unvanını aldı. 2000 yılında yardımcı doçent, 2008’de doçent ve 2014 yılında profesör unvanını kazandı.
Akademik çalışmalarının yanı sıra Marmara Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi’nde Tarih Bölüm Başkan Yardımcılığı ve Yeniçağ Tarihi Anabilim Dalı Başkanlığı görevlerinde bulundu; fakülte ve yönetim kurullarında aktif rol aldı. 2012-2015 yılları arasında Atatürk Kültür, Dil ve Tarih Yüksek Kurumu’nun yönetim kurulunda üyelik yaptı. Şubat 2016’da Marmara Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Dekanı oldu ve 4 Ekim 2016 tarihinde Millî Savunma Üniversitesi Rektörü olarak göreve başladı.
